飛行システムは『飛天歴険』の最も特別なシステムの一つです。プレイヤーは飛行機能で各種の地形による制限を受けず、自由に空を飛ぶことが出来ます。

『飛天歴険』の飛行システムは、中国の伝統的な剣での飛行で表現されます。各種武器、剣、刀、棍棒、杖や扇などが、プレイヤーが操縦する飛行の道具です。それぞれの道具は異なる特色を持ち、速いものや遅いものがあります。プレイヤーは飛行経験を積むことで、よりレベルの高い飛行道具に乗ることが出来るようになり、飛行速度を増すことも出来ます。

プレイヤーが空を飛ぶ夢をかなえると同時に、歩く代わりとなっています。将来開放される飛行島などの地域には、飛行スキルを持っていなければ行けないことになり、より深いゲーム内容が楽しめるようになります。